El primero núcleo de los Museos Vaticanos fue la colección de estatuas formada por Giulio II, y espuesta en el “Cortile delle Statue”, hoy llamado el Cortile Ottagono (Patio Octágono). El museo tiene su origen en Clemente XIV y Pio VI. Por eso, en el principio fue llamado Museo Pio-Clementino. Pio VII los amplió notablemente y añadí el Museo Chiaramonti, el « Braccio Nuovo » y la Galeria Lapidaria. Gregorio XVI fundó el Museo Etrusco (1837) con objetos originados durante las excavaciones en Etruria del Sur desde el 1828; el Museo Egipcio (1839) con los monumentos egipcios originados durante exploraciones en Egipto, y el Museo Capitolino, el Museo Profano Lateranense (1844) con estatuas, bajorrelievos, y mosaicos.